Les Mayas utilisaient 800 signes individuels ou glyphes, disposés deux par deux en colonnes se lisant de gauche à droite et de haut en bas. Les glyphes mayas représentaient des mots ou des syllabes se combinant pour désigner n'importe quel concept : un nombre, une période de temps, un membre de la royauté - par son nom ou son titre - un événement survenu au cours de la dynastie, un dieu, un scribe, un sculpteur, un objet, un édifice, une place ou un mets. Les inscriptions hiéroglyphiques étaient soit gravées dans la pierre ou le bois sur des monuments et des œuvres architecturales, soit peints sur du papier, des murs de plâtre ou des objets en céramique.
Des glyphes qui représentent, de gauche à droite, le ciel, un ahau (roi), une maison, un enfant et la ville de Palenque.
L'unité de base du système d'écriture maya est le cartouche de glyphes, qui équivaut aux mots ou aux phrases d'une langue moderne. Les cartouches pouvaient ne renfermer que trois ou quatre glyphes ou au contraire en comporter jusqu'à 50. Certains glyphes avaient aussi valeur de préfixe ou de suffixe. Le système n'était pas alphabétique.
L'écriture maya est difficile à interpréter pour un certain nombre de raisons. Tout d'abord, les glyphes ne représentent pas que des sons ou des concepts, ils sont parfois mixtes, ce qui en rend la lecture difficile. En outre, de nombreux glyphes peuvent avoir plus d'une signification, les concepts pouvant être transcrits de diverses manières. Les nombres, par exemple, peuvent être transcrits à l'aide de symboles numériques ou à l'aide de symboles graphiques représentant le dieu qui leur est associé, ou les deux à la fois. Certains glyphes, tout en illustrant un même concept, correspondent aussi à plus d'un symbole phonétique. Par exemple, le nom du chef de Palenque, Pacal, qui signifie littéralement «masque à main», apparaît parfois sous la forme d'un pictogramme représentant un masque à main, parfois sous forme de transcription phonétique en trois syllabes «pa-cal-la» et parfois des deux façons, picturale et phonétique.
Le décryptage des textes a été facilité grâce aux ordinateurs, aux techniques d'illustration et aux connaissances accumulées au cours d'un siècle de recherches scientifiques. Néanmoins, les hiéroglyphes mayas n'ont pu être entièrement déchiffrés : on ne peut que les interpréter, et non les lire. À ce jour, près de 85 pour 100 des hiéroglyphes ont été décryptés.
Chez les Mayas, l'écriture était un don sacré des dieux et la plupart des gens ne pouvaient lire. La connaissance de la lecture et de l'écriture était la chasse gardée d'une élite restreinte qui se croyait nantie du privilège d'entrer en communication directe avec les dieux et de servir d'intermédiaire entre ceux-ci et le petit peuple.